기관단총 역시 특수부대가 애용하는 무기이다. 기관단총은 보통 60cm 이하의 짧은 길이로 휴대가 간편하지만, 9mm 파라블럼 등 권총탄을 사용하기 때문에 사정거리가 100m 이내로 짧다. 그럼에도 불구하고 기관단총을 사용하는 이유는 CQB(Close Quarter Battle: 내부소탕) 등 대테러 임무 때문이다. 과다한 관통력을 가진 소총탄은 범인을 뚫고 나가 인질을 다치게 하는 경우가 있기 때문에, 다양한 비관통탄환을 사용할 수 있는 기관단총을 사용하게 된다. 대표적인 기관단총으로는 9mm 탄환을 사용하는 MP5나 우지(Uzi)가 있다.
장거리의 목표물과 교전하기 위해서는 저격총이 사용된다. 저격총은 과거 볼트액션식이 선호되었지만 다수의 적에 대하여 유효한 공격을 가하기 위해서 최근에는 반자동식도 애용된다. 레밍턴 700 시리즈의 볼트액션 소총이나 SR-25 반자동저격소총이 대표적인 무기이다. 또한 저격총에 준하는 정확성과 사거리를 지닌 지정사수소총 역시 장거리 교전이 잦아진 대테러전쟁에서 본격적으로 지급되기 시작했다. M14 DMR이나 M39 EMR 등이 이런 종류의 화기에 해당한다. 한편 장거리교전이 강조되면서 사정거리가 1km가 넘는 저격총들이 모든 특수부대들에게 채용되기 시작했다. .338 라푸아탄이나 .50 BMG탄을 채용한 저격총들이 바로 이런 무기체계로, 전자로는 어큐러시 인터내셔널의 AWSM이, 후자로는 바렛 M82A1/M107 반자동소총, 맥밀란 Tac-50 볼트액션 저격총 등이 유명하다.
권총 또한 특수부대의 상징과 같은 무기이다. 세계의 특수부대는 대부분 모든 대원들에게 권총을 쥐어준다. 보통 정규군에서 권총은 장교나 지원화기 사수에게 자위용으로 지급되며 제한적으로 사용되는 무기다. 하지만 특수부대에서는 보조화기를 좀 더 적극적으로 활용한다. CQB 등 협소한 공간에서의 교전이나 주화기의 탄창 교환시에 대원들이 무방비상태가 되지 않도록 활용한다. 대표적인 권총으로는 미군이 사용하는 M9 베레타 모델 92FS 자동권총이 있고 또한 글록 17이나 시그 P226과 같은 화기가 유럽을 중심으로 애용되고 있다.
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